La gestion des salariés malades est pour les entreprises à la fois un sujet banal - qui n'a pas été un jour malade et empêché de ce fait de se rendre à son travail ? - et un sujet très polémique en raison de l'explosion, entre 2000 et 2003, des dépenses d'indemnités journalières versées par la Sécurité Sociale. Ce phénomène a entraîné, depuis 2004, un renforcement des contrôles médicaux, en particulier sur les arrêts de travail répétitifs de courte durée. Avec succès, semble-t-il, à en croire les premières études disponibles qui font état d'une décrue significative du volume des indemnités journalières par salarié. Au-delà de ces chiffres encourageants, la maladie ou l'accident d'un salarié entraîne une procédure aux multiples étapes, sinon obligées, du moins recommandées. Ainsi, le salarié doit justifier de son état de santé auprès de la Caisse primaire d'assurance maladie et de son employeur. Ce dernier doit ensuite remplir une attestation de salaire qui permettra l'indemnisation du salarié. Mais en cas de doute sur la réalité de la maladie, gare aux contrôles !

Lorsqu'un salarié tombe malade ou est victime d'un accident et qu'il ne peut se rendre à son travail, il doit en informer son employeur, en principe dans les 48 heures. Cette information peut être faite oralement ou par écrit. En général, c'est le salarié qui prévient son employeur, mais les proches du salarié peuvent éventuellement se substituer à lui quand il n'est pas en mesure de le faire (en cas d'hospitalisation imprévue par exemple...).
Pour un arrêt de faible durée, le salarié peut être tenté d'informer son employeur sans chercher à obtenir un certificat d'arrêt de travail de son médecin. À quoi bon demander un arrêt de travail quand le salarié sait d'avance qu'il ne sera pas indemnisé en raison du délai de carence (3 jours) observé par la Caisse primaire d'assurance maladie (CPAM) ? Mais attention, sans dispense d'arrêt de travail de la part de son employeur, le salarié peut être, dans certaines conditions, considéré comme fautif.

Le certificat d'arrêt de travail rempli par le médecin comporte trois volets. Les deux premiers volets doivent être envoyés par le salarié au service médical de la CPAM dans les 48 heures. Si le salarié ne respecte pas ce délai, il reçoit alors un courrier l'informant du retard constaté. Et en cas d'envoi tardif d'un second arrêt de travail survenant dans les 24 mois, le salarié s'expose à une diminution de moitié de ses indemnités journalières de maladie. À la réception du volet 3 de l'arrêt de travail du salarié, l'employeur doit remplir une attestation de salaire destinée à calculer le montant des indemnités journalières de Sécurité Sociale (IJSS) que la CPAM verse au salarié. Toutefois, si l'employeur garantit au salarié le maintien de tout ou partie de sa rémunération, il peut être autorisé à percevoir les IJSS en lieu et place du salarié (par le biais d'une subrogation).