Un franchiseur peut gagner de l'argent sur les royalties, sur les marges prises sur les produits qu'il fournit à ses franchisés, les "marges avant", et aussi sur les "marges arrière". On désigne ainsi les sommes versées par les fournisseurs aux centrales d'achats pour rémunérer des services réels ou supposés, comme la façon dont les produits sont exposés. Car un article placé bien en vue à l'entrée d'un magasin se vendra mieux qu'un produit disposé très haut ou au ras du sol. Ces services sont souvent rémunérés très cher. Il s'agit donc le plus souvent de ristournes déguisées. Le poids des centrales d'achats est tel que les fournisseurs sont obligés d'accepter ces conditions. Ce phénomène est surtout connu dans la grande distribution, mais il affecte aussi tous les réseaux de distribution disposant de centrales d'achats et de référencement, donc les franchises. Le problème, pour les franchisés, est que les franchiseurs sont seuls à profiter de cette manne et que le système aboutit à augmenter le prix payé par les franchisés et par les consommateurs.

Ce système n'est pas illégal, mais il a donné lieu à de si nombreux abus et rendu les prix réels d'achat par les distributeurs si opaques, que les pouvoirs publics l'ont réglementé. La loi Galland de 1996 distinguait déjà les marges avant des marges arrière. La loi Dutreil d'août 2005 limite ces fameuses marges arrière. Celles-ci ne pourront plus dépasser 20 % du prix des articles achetés par les centrales (et 15 % à partir du 1er janvier 2007). D'autre part, elles devront être justifiées par des contrats précis spécifiant la nature des services rémunérés à la centrale d'achats, sous peine de sanctions pénales. Cela devrait réduire les abus, mais sans les supprimer totalement. Car il existe des astuces permettant de masquer les marges arrière. Parfois, cela va jusqu'au versement d'argent sur des comptes occultes. Une pratique qui a notamment cours avec certains fournisseurs chinois.

Si le système était jusqu'à présent relativement opaque, la loi donne désormais des moyens aux franchisés pour connaître les marges arrière perçues par la centrale d'achats du franchiseur. Ainsi, dans les enseignes où siège une commission de franchisés, celle-ci peut demander des copies des contrats signés avec les fournisseurs. Le franchiseur pourra certes essayer de tricher, mais il prendra alors de gros risques vis-à-vis de la justice. Surtout, les franchisés pourront savoir à quoi correspondent ces marges arrière. Si elles rémunèrent la promotion faite dans les magasins pour tel ou tel article, il est légitime qu'ils perçoivent ces marges, puisque ce sont eux qui assurent cette promotion dans des magasins qu'ils ont financés et qu'ils gèrent ! L'idéal serait que les centrales d'achats soient gérées par les franchisés eux-mêmes. C'est le cas pour ceux de l'enseigne Rapid' Flore qui sont actionnaires d'une centrale d'achats indépendante de la société du franchiseur. Mais l'existence d'une commission d'achat disposant d'un droit de regard sur ces transactions représente déjà un atout important pour se faire entendre.