Protéger les techniques du franchiseur : Un des principes de la franchise, surtout dans les services, consiste à transmettre un savoir-faire, c'est-à-dire un ensemble de techniques originales, mises au point par le franchiseur ou acquises par lui grâce à des licences. L'exclusivité de ces techniques est un atout considérable pour une enseigne. Mais il arrive que des franchisés, une fois ces méthodes apprises, estiment qu'ils n'ont plus besoin de leur franchiseur et décident de voler de leurs propres ailes, voire de créer un réseau concurrent. Les franchiseurs s'efforcent donc de se protéger contre « ce vol de savoir-faire » en introduisant dans leurs contrats des clauses dites de « confidentialité » ou de « secret », illimitées dans le temps et dans l'espace, qui interdisent aux franchisés de révéler ces méthodes et de continuer à les utiliser s'ils quittent le réseau. Une interdiction qui s'étend au personnel du franchisé et aux membres de sa famille.
Méthodes originales et méthodes courantes : Mais pour protéger un secret, il faut que celui-ci en soit vraiment un ! Il convient donc de distinguer les méthodes vraiment originales des méthodes de travail « généralistes ». Par exemple, un franchiseur peut, dans le cadre de la formation, enseigner des techniques de gestion ou de marketing non spécifiques à son réseau. Il serait alors absurde d'interdire au franchisé d'utiliser ces techniques qu'on peut acquérir dans n'importe quelle école de commerce. Une telle clause équivaudrait à une interdiction de faire du commerce hors de la chaîne !
Procédés classiques mais concept original : La distinction entre ce qui est original ou non n'est pas toujours évidente. Ainsi, la juxtaposition de divers procédés classiques et la façon de les mettre en oeuvre peut donner naissance à un concept original. Cette façon de marier des techniques courantes est alors assimilable dans certaines conditions à une innovation et à un secret professionnel. Mais cela reste évidemment subjectif et, en cas de litige, à l'appréciation des juges...

D'une façon générale, les tribunaux sanctionnent le non-respect des clauses de confidentialité. Par exemple, le 22 février 1996, le tribunal de commerce de Paris a condamné un ex-franchisé Easy Soft à verser 335 000 euros à son ex-franchiseur pour avoir continué à utiliser un logiciel original fourni par l'enseigne. En principe, un ex-franchisé qui viole un « secret de fabrique » ne peut pas être condamné au pénal car la loi limite cette menace aux salariés. Mais les salariés du franchisé peuvent être concernés et le franchisé lui-même condamné comme complice ! Enfin, le franchiseur peut invoquer l'abus de confiance pour attaquer un franchisé indélicat au pénal.D'une façon générale, les tribunaux sanctionnent le non-respect des clauses de confidentialité. Par exemple, le 22 février 1996, le tribunal de commerce de Paris a condamné un ex-franchisé Easy Soft à verser 335 000 euros à son ex-franchiseur pour avoir continué à utiliser un logiciel original fourni par l'enseigne. En principe, un ex-franchisé qui viole un « secret de fabrique » ne peut pas être condamné au pénal car la loi limite cette menace aux salariés. Mais les salariés du franchisé peuvent être concernés et le franchisé lui-même condamné comme complice ! Enfin, le franchiseur peut invoquer l'abus de confiance pour attaquer un franchisé indélicat au pénal.