Le responsable d'une entreprise individuelle relève du régime des travailleurs non salariés. A ce titre, il est inscrit auprès de caisses spécifiques. Il en est de même du gérant d'une EURL et du gérant d'une SARL qui possède seul ou avec l'ensemble des autres gérants, s'il y en a plusieurs, plus de 50 % du capital de la société.
Dès lors qu'il entre dans cette catégorie, le dirigeant doit être inscrit auprès du régime social des indépendants (RSI), interlocuteur unique à compter du 1er janvier 2008, chargé de la gestion des régimes sociaux des professions indépendantes.
Les travailleurs non salariés bénéficient de garanties dans trois domaines : maladie-maternité, retraite de base et complémentaire et allocations familiales.
Ce régime des travailleurs non salariés a connu de grandes évolutions ces dernières années : outre que le régime obligatoire offre aujourd'hui les mêmes garanties que celle du régime de base des salariés non-cadres, sauf la couverture Assedic dont les dirigeants sont systématiquement exclus, il peut être largement amélioré par la mise en oeuvre de régimes complémentaires fiscalement déductibles grâce à la loi Madelin. Ces compléments (mutuelle pour la maladie, régime prévoyance en cas d'invalidité ou de décès ou régime supplémentaire de retraite), s'ils sont bien réfléchis et correctement ajustés aux besoins réels du dirigeant, peuvent offrir une excellente garantie. L'adhésion à ces couvertures complémentaires impose donc au préalable de parfaitement définir les besoins que l'on souhaite couvrir. En effet, s'agissant de dispositifs individualisés, ils permettent de mettre en place des garanties sur mesure évitant ainsi les inconvénients de régimes collectifs qui offrent parfois des garanties qui n'intéressent pas certains adhérents, des garanties liées par exemple à leur structure familiale. Ainsi, une personne célibataire de 50 ans n'aura pas les mêmes objectifs de couverture complémentaire qu'une personne récemment mariée et ayant de jeunes enfants. Cette réflexion individualisée peut être menée avec un assureur spécialisé dans le domaine des assurances de personnes.
L'adhésion à ces régimes complémentaires engendre des coûts non négligeables. Mais en contrepartie, elle offre des garanties sociales parfois indispensables. Elle doit donc faire l'objet d'une étude très sérieuse relative à l'étendue et la qualité des prestations par rapport aux coûts engendrés. Ainsi, par exemple, l'adhésion à une mutuelle complémentaire maladie représente une dépense difficilement incontournable sauf à posséder déjà une telle couverture dans le foyer familial

Dans une entreprise individuelle, les revenus soumis à cotisations sont les bénéfices de l'entreprise, qu'ils soient prélevés par le chef d'entreprise ou laissés à la disposition de l'exploitation. Ce régime s'avère donc très pénalisant pour des activités qui nécessitent des besoins financiers importants : les bénéfices dégagés doivent être laissés dans l'entreprise mais génèrent un coût social élevé.
Dans une EURL ou une SARL à gérance majoritaire, l'assiette sociale diffère selon le régime fiscal de la société.
Si la société est assujettie à l'impôt sur le revenu, c'est l'ensemble de ses bénéfices, dont la rémunération du ou des gérants, qui est soumis à cotisations. Là aussi, il y a donc assujettissement de la totalité des bénéfices, que ceux-ci soient prélevés ou non, comme dans une entreprise individuelle.
En revanche, si la société est assujettie à l'impôt sur les sociétés, la solution est différente : les cotisations sociales ne seront dues que sur les seules rémunérations effectivement prélevées par les gérants. Les bénéfices laissés à la disposition de l'entreprise seront donc exclus de cette base de cotisations, une différence qui peut entraîner de substantielles économies, surtout si l'entreprise à besoin de fonds importants pour financer son développement.