Les entreprises placées sous ce statut de " jeune entreprise innovante " (JEI) bénéficient des allègements fiscaux suivants :
- exonération totale d'impôt sur les bénéfices des résultats des trois premiers exercices bénéficiaires et application d'un abattement de 50 % au titre des deux exercices bénéficiaires suivants ;
- exonération totale d'imposition forfaitaire annuelle durant toute la période d'application du statut spécial ;
- sur délibération des collectivités territoriales, exonération pendant 7 ans de taxe foncière sur les propriétés bâties et de taxe professionnelle ;
- sous certaines conditions, exonération des plus-values de cession de parts ou actions de JEI détenues par des personnes physiques.

La loi prévoit également que les JEI créées à compter du 1er janvier 2004 pourront obtenir le remboursement immédiat du crédit d'impôt recherche constaté au titre de l'année de leur création et des deux années suivantes.

Par ailleurs, les jeunes entreprises innovantes bénéficient pendant 7 ans à compter de leur création d'une exonération des cotisations patronales de Sécurité Sociale sur les rémunérations des personnels participant à la recherche.

Pour y avoir droit, les entreprises existant au 1er janvier 2004, ainsi que celles créées entre cette date et le 31 décembre 2013, doivent toutefois respecter un nombre important de conditions qui déterminent l'obtention du label JEI, à savoir :
- employer moins de 250 personnes ;
- réaliser un chiffre d'affaires inférieur à 40 millions d'euros ou disposer d'un total de bilan inférieur à 27 millions d'euros ;
- être " âgées " de moins de 8 ans ;
- consentir un certain volume de dépenses de recherche, représentant au moins 15 % des charges totales de l'exercice ;
- être indépendantes, c'est-à-dire être détenues majoritairement par des personnes physiques, directement ou via un niveau d'interposition, par des associations ou fondations reconnues d'utilité publique à caractère scientifique, par des établissements publics de recherche et d'enseignement et par des entreprises du secteur du capital-risque (sous réserve de ne pas en dépendre) ;
- créer ou avoir créé une activité réellement nouvelle.

Cette exonération porte sur les cotisations patronales dues au titre des assurances sociales, des allocations familiales, des accidents de travail et des maladies professionnelles. Elle est en principe applicable aux gains et rémunérations versés à compter du 1er janvier 2004 par les entreprises innovantes existant à cette date. Toutefois, pour les entreprises d'au plus 9 salariés pratiquant le décalage de la paie, l'exonération est applicable aux gains et rémunérations versés à compter du 16 janvier 2004.

L'exonération n'est pas applicable à tout le personnel de l'entreprise, mais seulement à certaines catégories de salariés exerçant des fonctions précises dans l'entreprise, à savoir :

• les chercheurs, cadres dans l'entreprise, c'est-à-dire les scientifiques ou les ingénieurs travaillant à la conception ou à la création de connaissances, de produits, de procédés, de méthodes ou de systèmes nouveaux ;

• les techniciens, à savoir les personnels travaillant en étroite collaboration avec les chercheurs pour assurer le soutien technique indispensable aux travaux de recherche et de développement et qui, notamment, préparent les substances, les matériaux et les appareils pour la réalisation d'essais et d'expériences, prêtent leur concours aux chercheurs pendant le déroulement des essais et des expériences ou les effectuent sous leur contrôle, ont la charge de l'entretien et du fonctionnement des appareils et des équipements nécessaires à la recherche et au développement ;

• les gestionnaires de projet de recherche et de développement, cadres dans l'entreprise, qui ont en charge l'organisation, la coordination et la planification du projet dans ses aspects administratif, financier et technologique ;

• les juristes chargés de la protection industrielle et des accords de technologie liés au projet, cadres dans l'entreprise, qui ont la charge de l'élaboration du dépôt, de la gestion et de la défense des titres de propriété industrielle, des accords juridiques de toute nature liés au projet, et notamment aux transferts de technologies ;

• les personnels chargés des tests préconcurrentiels, c'est-à-dire ceux qui conçoivent, réalisent ou font réaliser des tests techniques nécessaires au développement ou à la mise au point du produit ou du procédé.

Par ailleurs, l'exonération porte également sur les gains et rémunérations versés aux mandataires sociaux qui participent, à titre principal, au projet de recherche et de développement de l'entreprise. Plus précisément, le décret désigne les mandataires sociaux suivants :

- les gérants minoritaires ou égalitaires de société à responsabilité limitée (SARL) et de société d'exercice libéral à responsabilité limitée (Selarl) ;
- les présidents-directeurs et directeurs généraux de société anonyme (SA) ;
- les présidents et dirigeants de société par actions simplifiée (SAS).