Le jour où Thierry Cottet a appris que Pythie, la société qu'il a fondée en 1999, était officiellement reconnue "jeune entreprise innovante" (JEI), il a fait sauter les bouchons de champagne. Il faut dire que ce nouveau statut, créé par la loi de finances 2004, lui faisait faire de sacrées économies. Pas d'impôt sur les bénéfices, ni de charges patronales pour les salariés affectés aux travaux de recherche et développement (R&D). Pas étonnant que de nombreux dirigeants de PME se soient, comme lui, précipités dessus ! Pour Thierry Cottet, c'est beaucoup mieux qu'un simple coup de pouce : "Cela représente environ 50 000 euros d'économie de charges sociales, soit 10 % du chiffre d'affaires, précise le Pdg de la société spécialisée dans la création de logiciels de gestion. De quoi dégager des moyens supplémentaires pour nous développer plus sereinement jusqu'en 2007, date à laquelle nous sortirons du dispositif, la boîte ayant alors plus de huit ans d'existence."

Mais n'est pas JEI qui veut. À exonérations exceptionnelles, critères de sélection multiples. L'entreprise doit d'abord avoir moins de huit ans d'existence et être réellement nouvelle. Si votre société a été créée dans le cadre d'une fusion, d'une restructuration ou d'une reprise, passez votre chemin. Ensuite, il doit s'agir d'une vraie PME : effectif inférieur à 250 personnes, chiffre d'affaires ne dépassant pas les 50 millions d'euros (ou total du bilan inférieur à 43 millions). Cela veut dire aussi que l'entreprise ne doit pas être contrôlée par un grand groupe. Plus précisément, son capital doit être détenu pour 50 % minimum par des personnes physiques ou indirectement via une PME, elle-même indépendante. Elle peut aussi être la propriété d'une association ou d'un établissement de recherche, voire d'une société de capital-risque. Pas de problème non plus si la majorité du capital est détenue par un FCPI (fonds commun de placement dans l'innovation) ou encore un FIP (fonds d'investissement de proximité) mis en place par la loi Dutreil de 2003.
Mais le plus important est à venir : à la clôture de son exercice, la JEI devra consacrer au moins 15 % de ses dépenses à la recherche. Encore faut-il savoir en quoi consistent des dépenses de recherche. C'est là que ça se complique. En principe, il s'agit des budgets investis dans les opérations de recherche fondamentale ou appliquée ou de développement expérimental. On y compte principalement les salaires versés au personnel de recherche mais aussi les frais de dépôt de brevet ou encore les dépenses engagées pour les défendre. On pourra aussi intégrer les dotations aux amortissements des immobilisations (immeubles ou autres biens comme du matériel informatique) affectées à la recherche. Enfin, les dépenses confiées à des organismes publics de recherche ou à des universités peuvent, sous conditions, être prises en compte dans la limite de deux millions d'euros.
Mais si, pour certains secteurs comme la biotechnologie, identifier les travaux de recherche est assez aisé, pour d'autres, l'éligibilité des dépenses est moins évidente. Thierry Vandewalle, le patron de Wcube, une agence web désormais JEI, se souvient : "Parmi les premiers à nous intéresser à ce dispositif, nous avions un doute : nos développements de produits, comme la création d'un gestionnaire d'e-mails pour les collectivités locales, pouvaient-ils être considérés comme des dépenses de R&D ?" La société a donc préféré demander l'avis de l'administration fiscale, comme le prévoit la loi. "C'est ce qu'ont fait l'écrasante majorité des JEI existantes, soit 852 entreprises sur les 900 recensées", précise-t-on au ministère délégué à la Recherche. Avantage de la procédure ? Une fois que les services fiscaux ont rendu un avis favorable, l'entreprise est officiellement reconnue JEI. Elle peut bénéficier du dispositif sans risque de redressement. Mieux encore, selon Thomas Gross, directeur associé de Sogedev (conseil en financement), "si jamais, à la fin de l'exercice, vous n'avez pas pu réaliser les 15 % de dépenses de recherche requis, vos exonérations restent valables pour l'année écoulée. L'administration fiscale ou l'Urssaf ne peuvent pas revenir là dessus. À condition que votre bonne foi ne soit pas remise en cause et que vous n'ayez pas donné de fausses informations aux services fiscaux."